Bilkent İHM’nin amaçları Yönetmeliğin 5 inci maddesinde “bilimsel yöntemler ışığında ve disiplinler arası bir yaklaşım izleyerek ulusal, bölgesel ve uluslararası hukuk alanındaki düzenlemeler çerçevesinde, insan haklarının tanınması, korunması, uygulanması ve geliştirilmesine katkıda bulunmak için teorik ve uygulamaya yönelik araştırmalar yapmak, eğitimler düzenlemek, ilgili diğer çalışma ve projeleri yürütmek” şeklinde belirlenmiştir.

Bilkent İHM yukarıda belirtilen amaçları gerçekleştirmek amacıyla ağırlıklı olarak araştırmaya yönelik faaliyetler yürütmekte, araştırma faaliyetlerinin uygulamaya yön vermesine gayret etmektedir. Bu amaçla sivil toplum ve kamu kurumlarıyla, insan haklarının güçlendirilmesine yönelik ortaklıklar geliştirmeyi hedeflemektedir. Bilkent İHM’nin gerek yurt içindeki gerek yurt dışındaki emsal merkezler ve ilgili kurum ve kuruluşlarla iş birliği öncelikleri bulunmaktadır.

Bilkent İHM’nin kuruluş felsefesi, insan hakları ilke ve normlarının korunması ve yerine getirilmesi sorumluluğunun, Anayasa ve uluslararası yükümlülükler dahil ilgili hukukun etkin uygulanması sağlanarak öncelikle – ve ilk aşamada – ulusal makamlar tarafından üstlenilmesi anlayışına dayanmaktadır. İnsan hakları ilke ve normları ulusal makamlar tarafından ne kadar özümsenirse toplumda insan onuruna yaraşır bir yaşam standardı yerleşecek ve yargıya da o kadar az iş yükü düşecektir. Bu bağlamda yargının düzeltici adalet rolünün son çare (ultima ratio) olduğu anlayışı, bu felsefenin bir yansıması olarak görülmektedir.